Stockholm nằm nơi bờ biển trung-nam của vùng biển phía đông của Thuỵ Điển, nơi đây nư ớc ngọt từ hồ Mälaren là hồ lớn thứ ba của nước này đổ vào Biển Baltic. Những vùng trung tâm khác của thành phố bao gồn 14 hòn đảo dính liền thành một bán đảo mang tên là Bán đảo Stockholm. Vùng giữa của thành phố nằm ngay trên một vũng nước, đó là Vịnh Riddarfjärden. Trên 30% diện tích của thành phố là sông ngòi và hồ và 30% khác là những vườn cây, công viên và rừng xanh.